可以在台湾进行公证，但需要将在台湾办理公证书副本送至海基会，海基会盖章确认后将公证书副本送达至国家公证员协会或大陆的省（自治区、直辖市）公证员协会做比对认证。当事人持公证书正本至大陆相关公证员协会，由此公证员协会向商标局出具一份公证书正、副本一致的函后，商标局将承认其法律效力。